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汉末三国，祖国医学又有了重要发展，张仲景的医学成就特别引人注目。
张仲景，名机，南阳涅阳县人，约生于汉桓帝和平元年（150年），死在汉献帝建安二十四年（219年）。他自动好学，博览群书，特好医学，师事同郡名医张伯祖。建安初，军阀混战，扰攘不休，中土人民死亡流徙，“疫疠数起”，“家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或举族而丧”。仅在建安十年（205年）前，张仲景宗族二百余口，死亡即达三分之二，其中死于伤寒病者占百分之七十。这种惨痛情况，使张仲景对于医术钻研更勤，他总结前人医学成果，博采药方，写了许多有价值的医学用书。惜多已亡佚，留传于后世者，唯有《伤寒杂病论》十六卷。经后人整理校勘，将书中伤寒部分定名为《伤寒论》；杂病部分定名为《金匮要略》。《伤寒论》十卷、二十二篇，三百九十七法，一百一十三方，论述了伤寒等外感热性病的病理、诊断、治疗及用药。《金匮要略》六卷二十五篇，包括内科、外科、妇产科、皮肤科等四十多种杂病的治疗方法一百三十九条，二百六十二方，以脏腑经络学说作为基本论点，重视内脏间的整体联系性，强调保持人体的正气，同时也不忽视去邪。
我国古代所说的伤寒，和现在专指伤寒杆菌所导致的伤寒病不同，《内经·素问·热论篇》说：“今夫热病者，皆伤寒之类也”；又说：“人之伤于寒也，则为热病。”可见古人所说的伤寒是指一些因外感而带高烧症状病的通称，除今日所说的伤寒病外，还包括其他多种传染病。这类病病情复杂，转变急剧，诊断和治疗都比较难。张仲景除“勤求古训，博采众方”外，还用四诊，即望诊、闻诊、问诊和切脉，从多方面了解病情，然后加以分析综合，归纳为六经，即三阳（太阳、少阳、阴阳）和三阴（太阴、少阴、厥阴）六种症候类型。凡抗病力强、病势亢奋的，是三阳病；抗病力弱，病势虚衰的，是三阴病。治疗三阳病，以驱邪为主，以期迅速消除病灶。治疗三阴病，以扶正为主，以增加病人的抗病能力，调动人体积极因素。在具体医疗时，还以阴、阳、表、里、寒、热、虚、实为辨症的提纲，先分析病情是阳症或阴症。由阴阳辨明表里，再辨明虚实，再辨明寒热，这就是祖国诊断学上着名的“八纲”。一般而言，有兴奋、充血、发热等症候和脉象洪大有力浮滑的是阳症；病势沉伏而难发现、恶寒、厥冷、脉象沉迟、细弱无力的是阴症；病症发生在体表的是表症；在内部的是里症；凡病毒滞留体内，而精气已现虚弱的是虚症。邪气充实，但精力仍足以抵抗的是实症；病态表现有寒性倾向的是寒症，有热性倾向的是热症。
症状辨明后，再进行治疗。张仲景根据前人和自己治病经验，把对各种症状的治疗方法概括为汗、吐、下、和、温、清、补、消八种。即邪在肌表用汗法（发汗）。邪壅于上用吐法（催吐）。邪实于里用下法（泻下）。邪在表里之间用和法（解毒）。寒症用温法，热症用清法，虚症用补法，积滞和肿块一类病症用消法。这些治疗法则概括力强，实用价值高，可以根据不同的病情，单独或配合使用。张仲景的学术思想和有关病症的论述有继往开来的作用，至今仍为学习祖国医学者所必读。
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